Se funda el 5 de mayo de 1984 (fecha del acta fundacional), con la finalidad de dotar a la Semana Santa de Salamanca de un Cristo Yacente.

Con este fn, empieza la breve pero intensa historia de la Real Cofradía Penitencial de Cristo Yacente de la Misericordia y de la Agonía Redentora. Un grupo de jóvenes entusiastas de la Semana Santa, decidieron que había que dotar a la misma de un Cristo Yacente. Dicho y hecho, se pusieron manos a la obra, encargando al célebre escultor salmantino Venancio Blanco la realización de unos bocetos (un total de ocho), representativos de la figura de Cristo Yacente. En un periodo no muy largo fueron realizados, pero para la Cofradía ahora empezaba lo difícil, conseguir los fondos para la realización de tan deseado proyecto. Se buscaron multitud de ideas para financiarlo, desde ayudas públicas hasta la cuestación popular, resultando infructuosas todas ellas. Al final se decidió poner en marcha la Cofradía, buscando una imagen que sirviese de enlace para la realización del anhelado Cristo Yacente.

Primeramente, se pensó en una imagen de una Virgen Dolorosa de posición vertical que tiene el corazón herido con siete puñales (atribuida a Salvador Carmona) que se encuentra en el Convento de las RR.MM Agustinas Recoletas, monjas de clausura; y que procesionó en la Semana Santa Salmantina en los años 40, pero resultó infructuoso por negativa de las monjas. Como segunda y última alternativa, se pensó en un Crucificado situado en el Crucero Norte de la S.I.B Catedral Nueva de Salamanca, dicha imagen había sido trasladada a la Catedral desde el Convento de las RR.MM Isabeles la noche del 30 de marzo de 1836, con motivo de la desarmortización de Mendizabal, el crucificado se encontraba en ala norte del crucero de la Catedral Nueva. Las gestiones realizadas por el entonces asesor religioso de la Cofradía, D. Rafael Sánchez Pascual (Archivero Diocesano) para que el Cabildo de la Catedral concediese el permiso correspondiente para su cesión, fueron del todo positivas, accediendo el Cabildo Catedralicio a la cesión de la dicha Imagen, con la única condición, que la cofradía tuviese unos estatutos, hecho que ocurrió en Octubre de 1986.

Con la cesión de la imagen, se abría la posibilidad de asentar definitivamente la Cofradía, y afrontar con éxito la realización de la deseada imagen de Cristo Yacente. Así pues, las primeras dificultades ya estaban superadas, había que poner en marcha la cofradía, ardua labor. Previo a la Semana Santa de 1986 se realiza el primer acto oficial de la misma, entonces llamada Cofradía de la Agonía Redentora y Yacente de la Misericordia que consistió en la realización de un acto poético ante la Imagen del Stmo. Cristo de la Agonía Redentora en el Coro de la S.I.B Catedral Nueva, acto que se viene realizando ininterrumpidamente hasta nuestros días, consiste en la invitación de un poeta, quien recita una serie de versos, intercalado por los cantos de un coro. Este acto se denomina EL POETA ANTE LA CRUZ.

Esta Semana Santa de 1986, se inicia la inscripción de Cofrades, llegando al término de la misma a la cifra de 130 cofrades. Terminada la Semana Santa de este año, se inician los preparativos para afrontar la primera salida penitencial al año siguiente. En el mes de de Octubre, se celebra la Primera Festividad de la Cofradía, la primera Reunión General Ordinaria, en la que se determinan las pautas a seguir: elección del día de la Salida Penitencial, de la hora de salida, y de la indumentaria, acordándose lo siguiente. Jueves Santo a las 01,00h, de la Puerta de Ramos de la S.I.B Catedral Nueva de Salamanca con el siguiente hábito: túnica blanca, fajín y caída en color rojo, capirote de 90 cm. Ribeteado en rojo y con el anagrama de la cofradía en el pecho, y zapatillas de esparto blancas.
Finalizado el año 1986, y comenzado el año 1987, la ansiedad llegaba con el primer desfile penitencial.

En fechas previas a la Semana Santa, se celebraron los actos de «El Poeta ante la Cruz», «Triduo de Penitencia», mientras seguía aumentando el número de hermanos hasta 160, se había realizado una carroza de forja al Stmo Cristo de la Agonía Redentora. Y todo estaba listo para la ansiada madrugada del Jueves Santo de aquel año 1987. A la 01,00h se abrió la Puerta de Ramos, apareciendo la Plaza de Anaya llena de público; se inició el desfile, siendo de gran recogimiento y sobriedad. Los cofrades portaban velas blancas de cera apoyadas en la cadera, hoy día sustituidos por hachones de madera con portacirios de aluminio plateado con emblema de la cofradia y con vela color rojo. La procesión a decir de los entendidos y público fue un impresionante éxito, Salamanca tenía una nueva cofradía que añadir a sus desfiles de Semana Santa.

En 1988, se decidió rehacer el recorrido para efectuar Estación de Penitencia en el Convento de las RR.MM. Isabeles, anterior residencia del Stmo. Cristo de la Agonía Redentora, celebrándose a su llegada al convento un emotivo acto denominado «Trilogía de la Pasión».

Transcurrida la Semana Santa el número de cofrades creció hasta alcanzar la cifra de 230 cofrades. La Cofradía se estaba consolidando, por similitud con otra cofradía existente en la Semana Santa salmantina, se cambia el nombre para denominarse: Cofradía penitencial de Cristo Yacente de la Misericordia y de la Agonía Redentora.

Se retomó el proyecto de Cristo Yacente encargándole ya por fin la imagen a Venancio Blanco, para así poder desfilar con ella en la Semana Santa de 1989, el escultor realiza la maqueta a tamaño natural, siendo ésta rechazada por la cofradía, corregidos los fallos y pasándola a madera, una serie de desavenencias con el escultor dieron al traste con la entrega de la Imagen a la Cofradía, con lo que la cofradía se queda sin su ansiado Cristo Yacente.

En 1989, se producen las segundas elecciones a Junta de Gobierno y la Junta elegida, una de las metas que se marca es la realización de la Imagen de Cristo Yacente.

Hay que comenzar de nuevo y no cometer errores pasados, se convoca un concurso público de la que sale elegida por votación la maqueta presentada por el imaginero salmantino Enrique Orejudo Alonso el cual realiza dicha imagen. Entre tanto el 26 de Noviembre de 1990 la Cofradía nombra Hermano Mayor Honorario a S.M el Rey D. Juan Carlos I Rey de España, quien acepta tal nombramiento pasando la cofradía a ostentar el Título de Real. En 1991, se produce el momento mas ansiado, por fin nuestra cofradía va a poder desfilar por las calles de Salamanca el deseado Cristo Yacente de la Misericordia. El día 17 de Marzo se produjo la Bendición en la Catedral Vieja al lado del Crucificado, por el entonces Obispo de la Diócesis D. Mauro Rubio Repullés (R.I.P), y once días después esta imagen procesionaba por las monumentales calles de la ciudad.

En años posteriores esta Real Cofradía se ha ido consolidando, enriqueciendo su patrimonio sin renunciar a sus señasde identidad que no son otras que seriedad, austeridad y recogimiento, aumentando el número de cofrades hasta alcanzar la cifra de los 560 actualmente.

La Real Cofradía Penitencial de Cristo Yacente de la Misericordia y de la Agonía Redentora, en estos momentos es una cofradía viva, que cumple con los preceptos que deben imperar en la misma, que no son otros que la celebración de la Pasión, Muerte y Resurrección de Cristo. En el año 2001 se celebró el XV aniversario de la 1ª Salida Penitencial y el X de de la Bendición de la imagen de Cristo Yacente de la Misericordia.

El Desfile Penitencial se inicia con un nazareno, portando dos campanas convocando a silencio a los asistentes. Seguido del resto de ornamentos, cofrades y pasos.

Cabe destacar un gran incensario portado a hombros de cofrades, una Cruz de Penitencia (antigua del Cristo de la Agonía) portada por uno de los hermanos, y las dos Imágenes Titulares portadas a hombros.
Así mismo posee una Agrupación Musical compuesta de 73 miembros.

Cristo de la Agonía Redentora
Es un crucificado anónimo del s. XVI, atribuido a Juan de Balmaseda debido a las similitudes con el Cristo de la Misericordia, obra de dicho autor, custodiado en la iglesia de Ntra. Sra. de la Calle de Palencia. Impresiona su fuerte expresividad y patetismo. Aparece ya muerto y traspasado por la lanza con los ojos y la boca entreabiertos. Presenta la particularidad de no tener barba. La cabellera postiza y el paño de pureza son añadidos posteriores.

Es la imagen más antigua que procesiona en la Semana Santa Salmantina. Procede del Convento de las Isabeles, de donde salió a escondidas la noche del Miércoles Santo de 1836 con destino a la Catedral para salvarse de una posible ruina o pillaje ante el proceso de Desamortización de Mendizábal, que obligó a las religiosas a abandonar el convento. La imagen fue restaurada en 1997. Recibe culto en un altar situado en el brazo norte del crucero de la Catedral Nueva.

El Stmo Cristo posee una Corona de Espinas en plata haciendo juego con los tres clavos.

Procesiona sobre andas en madera de abedul, oscurecidas en color nogal data del año 1993, cuyo autor es Agustín Cruz, cantoneras de los banzos son en bronce plateado, hachones son toreados de madera con adornos en alpaca plateada realizado por “Orfebrería Orovio de la Torre” y guardabrisas con porta velas realizados por el mismo orfebre, y faldones en terciopelo rojo.

Cristo Yacente de la Misericordia
Obra de Enrique Orejudo en 1991, tallada en madera de abedul a la usanza castellana. En su momento llamó la atención por su corpulencia. Ha sido restaurada en 2008 por su autor, aclarando la policromía, anteriormente demasiado oscura, y procediendo a su vaciado interior para rebajar su excesivo peso. Recibe culto en la llamada Capilla de la Virgen de Morales de la S.I.B. Catedral Nueva de Salamanca.

Andas procesionales están realizadas en madera de abedul, oscurecidas en color nogal, y datan del año 1992, cuyo autor es Agustín Cruz. Las cantoneras de los banzos son en bronce plateado, hachones toreados de madera con adornos en alpaca plateada realizado por “Orfebrería Orovio de la Torre” y guardabrisas con porta velas realizados por el mismo orfebre, y faldones en terciopelo rojo.