La Patronal de Comerciantes funda esta cofradía en el año 1926; este mismo año tiene lugar el primer desfile con las imágenes del Cristo de la Agonía, de Bernardo Pérez de Robles, la Dolorosa de las Agustinas, atribuida a Luis Salvador Carmona, y el grupo del Prendimiento, de Angel Cantos. Imágenes que no desfilan actualmente.

Esta Hermandad llegó a tener gran prestigio en la ciudad, y sus recursos económicos eran elevados, por lo que se permitía incluso asegurar a los hermanos de carga el pago del ataud, en el momento de su muerte, y se dejaba una pensión a la viuda.

A finales de los años treinta las Madres Agustinas dejan de prestar su imagen de la Dolorosa, por lo fue encargada una nueva imagen al imaginero catalán, afincado en Salamanca, Soriano Montagut, que desfila por primera vez en 1940.
Es a partir de esta época cuando la Cofradía alcanza su máximo explendor, y en 1944, se decide fundar, una Cofradía filial cuyo motivo era organizar otro desfile procesional a semejanza de la malagueña Cofradía de Jesús el Rico. Para este desfile se elige el Cristo existente en el Monasterio de la Encarnación de las Madres Bernardas, cercano a la Prisión Provincial.

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El Domingo de Ramos, 25 de Marzo de 1945, procesiona por primera vez la Hermandad de Ntro. Padre Jesús del Perdón. Se indultaron 7 presos, mediante el pago de una fianza de 1.000 ptas.

En los años sucesivos, el desfile fue tomando más auge y se fueron modificando alguno de los actos de los años iniciales.
En el año 1947, se encargan dos nuevos grupos escultóricos: El Prendimiento, de Damián Villar, y Jesús ante Pilatos, de González Macías, desfilando por primera vez en 1948.

En el año 1959 las MM. Bernardas se transladan a un nuevo convento, y debido a los problemas que se plantearon por su ubicación, se decide, que Ntro Padre Jesús del Perdón salga desde el Convento de San Esteban, y sustituir la imagen de Bernardo Pérez de Robles por una copia que se le encarga al escultor salmantino Damián Villar.

Desde mediados de los años sesenta comienza una grave crisis en toda la Semana Santa Salmantina. A partir de 1965 dejan de desfilar los pasos de El Prendimiento y Jesús ante Pilatos, lo que hace que este desfile no pueda salir en el año 1973.

Este mismo año de 1973, también dejará de desfilar definitivamente Ntro. Padre Jesús del Perdón. Dada la gravedad de la situación, en una reunión de urgencia se nombra una nueva Junta Directiva de emergencia y se logra salvar la Seráfica Hermandad.

En 1981, debido al mal estado de la cruz, se sustituye la talla titular del Stmo. Cristo de la Agonía por la imagen realizada por Damián Villar años atrás, para sustituir al Cristo del Perdón, cuando el traslado de las MM Bernardas al nuevo convento del Camino de las Aguas.

A principios de los ochenta se produce una situación de mejora en la Seráfica Hermandad, por lo que se retoma la idea de volver a procesionar el Domingo de Ramos, para lo cual recupera el Cristo original ubicado en el Convento de las Madres Bernardas, al mismo tiempo, se restaura el grupo escultórico del Prendimiento, que vuelve a desfilar el Jueves Santo. A partir de 1994, en la procesión del Domingo de Ramos se incorpora el paso del «Camino del Calvario» y desde 1997, con el traslado de la Prisión Provincial, el Acto Penitencial se realiza en el Arco construído por el Excmo. Ayuntamiento a tal efecto.

Al mismo tiempo se restaura el paso de Jesús ante Pilatos y tras casi 30 años de ausencia vuelve a desfilar por las calles salmantinas en la tarde del Jueves Santo.

En los primeros tiempos de la Seráfica Hermandad, formaban la procesión tres pasos: El Prendimiento, obra del escultor murciano Ángel Canto, reproduciendo el modelo salzillesco; el Santísimo Cristo de la Agonía notable obra de Bernardo Pérez de Robles, del S. XVII a la que se rinde culto en la Iglesia de los PP. Capuchinos y que fue realizado por su autor en Lima; y la Dolorosa de las RR. MM. Agustinas, obra atribuida a Luis Salvador Carmona, conservada en la clausura del Convento de las Agustinas.

La negativa de los religiosos propietarios de varias de las imágenes propició el hecho de que la Cofradía costeara la realización de la totalidad de sus pasos procesionales, encargándoselos a la Escuela de Imaginería de Salamanca, que se desarrolló entre 1940 y 1960.

Santísimo Cristo de la Agonía
Damián Villar realizó en 1959 un crucificado de inspiración Neorrománica para sustituir al Cristo del Perdón, que entonces no procesionaba, pasando a sustituir a su vez esta imagen contemporánea al Cristo de la Agonía desde 1975, al denegar la Venerable Orden Tercera el permiso para desfilar con la talla de Pérez de Robles.

Ntro. Padre Jesús del Prendimiento
Realizado por Damián Villar en 1948, representa el momento en que Jesús es prendido en el Huerto de los Olivos. Consta de 5 figuras, siendo el centro de la composición Jesús y Judas besándole, que es completada con el sayón que tira de la cuerda que ata a Jesús, un soldado romano y San Pedro con la espada en la mano.

El paso es portado a hombros por 40 hermanos sobre carroza tallada en madera de nogal con diferentes motivos.

Ntro. Padre Jesús ante Pilatos
Francisco González Macías realizó un grupo escultórico en 1947 denominado Jesús ante Pilato recogiendo el momento en que Cristo, señalando al cielo exclama, “Mi reino no es de este mundo”, mientras Anás y Caifás abandonan el pretorio.

De corte contemporáneo se aparta de la estética más frecuente de la escuela castellana de imagineros. El grupo escultórico ha sido restaurado en 2009.

Virgen de los Dolores
En 1939, Inocencio Soriano Montagut realiza una nueva Dolorosa de magnífica factura, tomando como modelo a una popular salmantina, Doña Romana Serra, motivo por el cual la imagen se denomina popularmente “La Ramona”. Las manos las tomó de Doña Andrea Rivas, Miss Salamanca 1933. Probablemente esta imagen constituya la mejor aportación escúltorica a la Semana Santa salmantina en el s. XX.

Figura de gran tamaño y de estilo clásico. Realizada en madera y policromada con fondos de oro que hacen destellar los estofados.
La imagen es portada sobre una carroza de madera de nogal por 40 hermanos. Debido a su gran peso, la imagen sufrío un vaciado hace algunos años